Die Apherese ist im Allgemeinen ein sehr gut verträgliches Verfahren.
In manchen Fällen kann es während des Aphereseverfahrens zu einer sogenannten vasovagalen Reaktion kommen. Dabei kommt es zu einem Abfallen des Blutdrucks. Typische Symptome sind Übelkeit, Blässe oder Benommenheit. Eventuelle Kreislaufprobleme treten aber selten auf, da dem Patienten zusätzlich eine Kochsalzlösung als Flüssigkeitersatz verabreicht wird.
In sehr seltenen Fällen entsteht durch den Abbau des Citrates ein kurzzeitiger, akuter Calciummangel, der durch Kribbeln in den Fingerspitzen, Zehen, Lippen, der Zunge oder durch Frösteln äußert.